Iako isprva nije željela ozbiljnu vezu s Barackom, na kraju je ljubav između njih planula, pa su se vjenčali 1992., a nakon toga su imali problema sa začećem. Kada je Michelle napokon uspjela ostati trudna, uslijedio je šok. Doživjela je spontani pobačaj koji ih je oboje devastirao, ali im nije oduzeo nadu. Kasnije se podvrgnula umjetnoj oplodnji i na svijet donijela dvije kćeri, Maliu Ann i Natashu. U to je doba, sredinom i krajem 1990-ih, Michellin privatni i poslovni život jednostavno cvao. Postala je pomoćnica dekana zadužena za studentsku službu na Sveučilištu Chicago, te je tamo radila na razvoju Sveučilišnog centra za pomoć zajednici. Nekoliko godina kasnije radila je za Čikašku sveučilišnu bolnicu, prvo kao izvršna direktorica za društvena pitanja, a kasnije kao potpredsjednica za društvena i vanjska pitanja. Taj je posao obavljala i tijekom prve Barackove predsjedničke kampanje, no kada je postala Prva dama Amerike taj je posao napustila.